سنذكر اليوم بإذن الله مختصراً لتاريخ خانية قوقند منذ نشأتها و حتى دخول الروس إليها.
كانت بداية خانية خوقند، أو قوقند حيث كلا اللفظين وارد، في وادي فرغانة عام ١٧٠٩م الموافق ١٠٨٧هجرية، و استمرت ١٦٧ عاماً حيث انتهت بدخول القوات الروسية القيصرية إليها و خروح خدايار خان من قوقند عام ١٨٧٦م الموافق ١٢٥٤ للهجرة.
كان موقعها وبداية نشأتها في منطقة تقاطع بين ثلاثة حضارات، العالم الإسلامي و الروسي الأورثوذوكسي و الصيني البوذي الكونفوشيوسي.
في أواخر الدولة التيمورية جاء الشيبانيون الأوزبك و أزاحوهم عن الحكم في تركستان، و أقاموا خانيتي بخارى و خيوة، اللتان دخلتا في صراعات مع بعضيهما البعض، فاستغل حكام فرغانة هذا الخلاف ليستقلوا بأنفسهم و ينشئوا خانيتهم المنافسة.
تقول الروايات أن أصل العائلة التي حكمت خوقند تعود إلى ألطون بيشيك، أي المهد الذهبي، وهو اسم أطلق على طفل لبابر شاه الذي أخرجه الأوزبك من تركستان، حيث أودع إحدى زوجاته و هي أم هذا الطفل في وادي فرغانة في طريقه إلى الهند و كان الطفل في مهد ذهبي مزين بالجواهر و الحلي.
