من المشاكل التي تحدث في PCR مع افتراض شغلك صح من تجهيز العينة الى مرحلة gel، عدم ظهور الباند او ظهوره بشكل مشوه، ومن الحلول عمل مايسمى Gradient PCR to Determine the Optimum Annealing Temperatureاي بمعنى تدرج بدرجة الحرارة من الاصغر الى الاكبر لوصول للدرجة المناسبة annealing (١) https://t.co/H9jIN6UWtu

اللي هي بيظهر من خلالها الباند بشكل واضح ، وغالبا يتم استخدام هالطريقة اذا عندنا بادئ primer جديد مصممينه، فيتم جعل جهاز PCR يتدرج في درجات الحرارة بشكل تدريجي مثال الصورة

نلاحظ كيف تدرج بدرجة الحرارة من ٥٧ الى ٦١ وان الدرجة المناسبة هنا بتكون هي ٦٠درجة مئوية (٢) https://t.co/zt9aIhqEXs

نلاحظ اكثر من هالدرجة الباند اختفى من الجل واقل من ذلك الباند صاير كثيف شكله ، فالافضل يكون ٦٠ درجة مئوية (٣)