في الشهر الثاني من الحمل، والذي يبدأ عادةً من الأسبوع الخامس، تبدأ مرحلة التكوين الجنيني الحقيقية. خلال هذه الفترة، يبدأ تطور أنظمة الجسم المختلفة مثل القلب والدماغ والحبل الشوكي. رغم صغر حجمه، حيث يكون بحجم رأس القلم، إلا أن القلب ينبض بمعدل ثابت، ويمكن سماع نبضه عبر جهاز الموجات فوق الصوتية بعد أسبوع أو أسبوعين. كما تبدأ المشيمة في النمو في هذه المرحلة.

في الأسبوع السادس، يبلغ حجم الجنين حبّة العدس، ويبدأ تكوين ملامحه الأساسية. تظهر بقع داكنة مكان العينين، وانخفاضات صغيرة مكان فتحات الأنف والأذنين، وتظهر براعم صغيرة مكان اليدين وتليها الساقان. قلب الجنين ينبض بحوالي 100 نبضة في الدقيقة.

في الأسبوع السابع، يمر الجنين بتغييرات كبيرة. تستمر أجزاء الجسم المهمة مثل الدماغ والحبل الشوكي والقلب والرئة في النمو. تتطور ملامح الوجه بشكل أكبر مع تكوين الفم واللسان وفتحات الأنف وعدسات العين. تتشكل الكتفان وتستمر البراعم الطرفية في النمو لتتخذ شكل اليدين. تتطور الأمعاء وتتكون الغدد التناسلية. تنمو الأطراف السفلية (الساقان والركبتان والكاحلان) بشكل يتناسب مع حجم الجنين، وتتكون أظافر القدم. تستمر كتلة العضلات في النمو مما يمنح الجنين القوة. تنضج الكلى لتبدأ عملها، مما يسمح للجنين بالتبوّل خلال الأسابيع القليلة القادمة.

في الأسبوع الثامن، يبلغ حجم الجنين بحجم حبّة الفاصولياء، ويبلغ طوله حوالي 11-14 ملم. رغم صغر حجمه، إلا أنه يظهر بشكل مشابه للطفل الرضيع حيث إن معظم أعضائه قد تكوّنت بما في ذلك العضلات والأطراف العليا والسفلية وأصابع اليدين والقدمين والعظام وملامح الوجه. سرعان ما تتطور الأعضاء بشكل أكبر وتتكامل وتعمل مع بعضها البعض. في هذه المرحلة، يتحرك الجنين حركة مستمرة ولكن الأم قد لا تشعر بذلك بعد.