إن تنظيم القرآن الكريم وتميزه يكمنان في نظام ترتيب آياته الذي يُعتبر توقيفيا، ثابتًا وفق توجيه إلهي مباشر حسب الإجماع العام للأمة الإسلامية. هذا يعني أن النظام الحالي لتنظيم الآيات داخل كل سورة يعود بإسناده النهائي إلى الوحي مباشرة. قد صرح العديد من العلماء مثل الباقلاني والسيوطي والزركشي وغيرهم بأن هذا الترتيب هو أمر توقيفي محدد من الله سبحانه وتعالى. ويستند هذا أيضًا إلى أدلة قرآنية واضحة مثل الآيات التالية: "إنا جعلناه قرآن عربي لعلكم تعقلون"، مما يشير إلى أن القرآن موجود بنظاميته كاملاً وكامل الحكم في الأصل المحفوظ لدى الرب جل جلاله.
بالانتقال إلى ترتيب السور نفسها، هناك اختلاف بين علماء المسلمين حول طبيعة هذا الترتيب أيضاً. يرى البعض أنه توقيفي بالكامل، بينما يقول آخرون إنه نتيجة الاجتهاد في زمن الصحابة رضوان الله عليهم. حيث اقترح هؤلاء الأخيرون أن معظم السور مرتبة بتوجيه توقيفي ولكن بعضها الآخر يمكن أن يكون نتيجة لإجتهاد الصحابة.
أما بالنسبة لتقسيم القرآن إلى أجزاء وأحزاب ونحوها، فهي عمليات تصنيف واستيعاب بشرية. ليست هذه التقسيمات جزءاً من الوحي بل هي طرق عملية سهلت حفظ وتلاوة القرآن الكريم عبر التاريخ الإسلامي. لذلك فإن تحديد بداية هذه الأقسام قد يختلف بناءً على مدرسة علمية معينة أو طبعة مصحف خاصة. ومع ذلك، فإن هذه التقسيمات غير إلزامية ذات طابع ديني؛ إذ أنها مبنية أساساً على الراحة والملاءمة العملية وليس على التصريح الديني المتعلق بالقراءة والتلاوة.
وفي ضوء نزل الرسالة الإلهية، بدأت وحيات القرآن تنزل تدريجيًا منذ لحظة خاتمة رسالة النبي محمد صلى الله عليه وسلم حتى موته الشريف بعد ثلاثة والعشرين سنة من دعوته المباركة. وهكذا، فقد امتدت فترة نزول الوحي خلال حياته الطاهرة تلك السنوات الثلاث والعشرين المقدسة.
