يتشابك مصطلحا "المنهج العلمي" و"البحث العلمي"، لكنهما رغم ارتباطهما الوثيق، إلا أنهما يختلفان بشكل واضح فيما يتعلق بهدفهما وأسلوب تنفيذهما. يمكن النظر إلى المنهج العلمي كمجموعة من الخطوات المنظمة التي توجه عملية جمع البيانات وتحليلها بطريقة منهجية ومنطقية. هذه العملية تتضمن طرح فرضيات قابلة للاختبار وتصميم تجارب لتقييم تلك الفرضيات. الهدف الرئيسي للمنهج العلمي هو تطوير معرفتنا حول العالم الطبيعي من خلال الاستناد إلى أدلة ومعلومات دقيقة يمكن إعادة إنتاجها.
على الجانب الآخر، يشير البحث العلمي عادةً إلى المشروع الأكبر الذي يستخدم المنهج العلمي كأداة أساسية له. بينما يسعى المنهج العلمي لتحقيق فهم أكثر دقة للعالم الطبيعي، فإن الباحثين قد يقومون بإجراء عدة مشاريع بحثية باستخدام نفس المناهج لتأكيد النتائج أو استكشاف جوانب جديدة من قضية معينة. البحث العلمي غالباً ما يكون مرتبطاً بموضوعات محددة وقد يحتاج لسنوات حتى يتم الانتهاء منه بسبب التعقيد والحاجة لإعادة التحقق والتأكيد.
ومن الجدير بالذكر أن نجاح كل من المنهج العلمي والبحث العلمي يعتمد على مجموعة متنوعة من المهارات بما فيها التفكير النقدي والتحليل الدقيق والاستنتاج الصحيح والإبداع. بدون تطبيق صحيح لهذه العناصر، لن يحقق أي منهما الهدف الأساسي وهو اكتساب المعرفة الحقيقة والفهم العميق للقضايا المطروحة.
