على الرغم من أهمية المنهج التاريخي في دراسة الظواهر الأدبية، إلا أنه يعاني من عدة عيوب يجب أخذها بعين الاعتبار. أولاً، يصعب إثبات فرضية أي قضية تدرس من خلال المنهج التاريخي، حيث لا يخضع القضية للتجارب العلمية. ثانيًا، يصعب تعميم نتائج المنهج التاريخي بسبب ارتباطها بمدة زمنية ومكانية محددة. بالإضافة إلى ذلك، يستخدم رواد المنهج التاريخي التحيز في نقل أحداث القضية الأدبية.
من العيوب الأخرى صعوبة تحديد دقة المصادر والمراجع المتعلقة بالمنهج التاريخي، حيث يكتفي رواد المنهج التاريخي بتقديم صورة جزئية عن الظاهرة الأدبية. كما يصعب الربط بين سبب الظاهرة الأدبية ونتيجتها، بسبب صعوبة وضع فرضيات للظاهرة الأدبية. يهمل المنهج التاريخي أثر الأدب في السياسة، وأثر البيئة الجغرافية والنوازع الفردية، والصفات النفسية في الأدب.
كما يؤخذ على المنهج التاريخي أنه ينظر للنص على أنه وثائق ومستندات، من خلال النظر في تاريخ النص ومصادره، وعصر هذا النص وبيئة النص. يهمل الإبداع الذي جاء به الباحث أو الأديب، لأنه لا ينظر إلى جماليات النص الأدبي بل إلى تاريخه.
على الرغم من هذه العيوب، يظل المنهج التاريخي مهمًا في دراسة عصور الآداب السبعة، حيث يدرس نشأة ظاهرة أو مشكلة ما، ويقوم على دراسة مشكلة سياسية أو اجتماعية في الماضي ومقارنتها بالحاضر. كما يساعد على إتاحة الفرصة لتقييم المعلومات التاريخية، ويساهم في تصحيح وتعديل المعلومات التاريخية التي ظهرت قديماً.
في الختام، يجب على الباحثين والأدباء أن يأخذوا بعين الاعتبار هذه العيوب عند استخدام المنهج التاريخي في دراساتهم الأدبية، وأن يسعوا إلى التغلب عليها من خلال استخدام منهجيات أخرى تكمل المنهج التاريخي وتحقق نتائج أكثر دقة وشمولية.